La vie à l’école se veut à la fois une prolongation de la vie de foi des familles, « petites églises domestiques », et une occasion pour chaque élève de développer sa propre vie intérieure, comme fils de Dieu et frère de Jésus Christ. L’instruction religieuse est inscrite dans les programmes pédagogiques de chaque classe.

En primaire, chaque journée comprend un cours de catéchisme, dispensé par les instituteurs en lien avec les aumôniers.
Au collège, chaque classe a deux heures d’enseignement religieux (cours de catéchisme, histoire de l’Eglise et histoire Sainte). Ces cours sont dispensés par les prêtres qui assurent l’accompagnement spirituel du Cours Charlier. La classe de 3ème bénéficie de cours d’apologétique afin de préparer les élèves aux différentes argumentations dont ils auront besoin dans leur vie quotidienne.

Le Cours Charlier a choisi de faire appel à la Fraternité Sacerdotale Saint-Pierre afin d’ouvrir les garçons à cette réalité de l’Eglise qu’est la liturgie selon la forme extraordinaire du rit Romain. La FSSP a en effet une triple vocation qui est la formation religieuse des fidèles, la liturgie et un attachement tout particulier au saint Siège, et donc au Saint Père, puisqu’elle a été fondée par le pape Jean-Paul II en 1988.

Les prêtres de la FSSP reçoivent leurs lettres de missions à la fois de leurs supérieurs et des évêques des diocèses qui les appellent. Dans cet esprit, Mgr James a nommé vicaires de la paroisse saint-Clément les abbés Jouachim et Roseau et les a confirmés dans leur présence régulière au Cours Charlier. C’est ainsi que les élèves côtoient un prêtre quotidiennement, non seulement à l’occasion des 2 heures d’instruction religieuse hebdomadaires ou de la messe bimensuelle, mais aussi au moment des récréations. C’est là que les garçons tissent de véritables liens de confiance avec les abbés. Cette confiance est particulièrement bénéfique dans les moments privilégiés de la confession ou des entretiens personnels pendant lesquels les prêtres peuvent aider les élèves dans la construction spirituelle de leur être. Ces contacts privilégiés sont souvent source de grandes joies sacerdotales et nous donnent la certitude du bien que Dieu fait discrètement dans les âmes des garçons.